广东十一选五任三计划

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                关于mega4.0建系统进化树的若干问题

                2016-10-28技术资料

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                近日广东11选五走势图手机版学习用mega4.0建系统进化树,大概会操作了,但仍然有很多疑问。坛子里关于mega的帖子看了遍,迷茫发问的朋友多,解答的大牛人也有,我的问题和很多求助网友相似,现系统提出,渴望知道的大侠尽早看到此贴,指点下迷津,不甚感激!

                一,附件中的小树是用mega4.0,Bootsrap Value设置1000次建成。具体步骤如下:
                a、打开mega软件—Alignment 下拉—Alignment exposure/clustal—create a new alignment --然后根据实际情况(DNA or 蛋白序列)选择Yes
                b、Edit—Insert sequence from file(.fastal的格式);
                c、Algin by clustal W---Data—Export Alignment—Mega fomat;
                d、打开广东快乐十分走势图表近50期上一步保存的文件—Distance—compute pairwise—compute;
                e、Phylogeny—Bootstrap Test of phylogeny—Neighbor-Joining—将Boostrap(500 replicates;seed=64238修改为1000 replicates)--compute---获得进化树—设好格式---image –save as TIF file


                问题来了,在坛子里看见各位大侠给出的步骤,要用Clustal X软件进行序列比广东11选5走势图一定牛遗漏对之后才能建树,请问,mega4.0中是不是嵌合了clustal么,为什么有大侠说还要下载一个clustal软件呢?上面的建树步骤C是不是算经过了clustal呢?

                二,附件广东体彩11选5一定牛中小树节点处数值的含义,请各位解释下为什么HX4和AB546196.1(bootstrap值100)与HX6和AJ308316.1(bootstrap值77)两类群聚一起后又97呢?是否意味着HX4和AB546196.1亲缘关系很近,甚至是同一个东西,HX6和AJ308316.1关系较近,这两类群又聚一起,而且bootstrap值97,大于77,很费解呀很费解。


                三,树广东快乐十分开奖结果 开奖详情下的标尺有什么用?去算枝长吗?枝长又代表什么,进化距离吗?如果枝长是进化距离,那bootstrap值又代表广东盘古一中一什么?
                四,在坛子里逛的时候,看到有大侠广东11远5走势图一定牛说“遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的 步长值常用在鉴定菌种的进化树中 而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 ”。什么是遗传标度法,什么是步长值法?本人建树目的是想得到菌株间的进化关系


                五,看文献过程中,发现有部分广东11选五开奖走势图文献的进化树要么只有标尺,要么只有bootstrap值,而且也没有对数值,标尺的含义做出解释,究竟什么样的树才算规范?
                昨晚码了一个求助贴,满怀希望发的时候,系统维护,伤啊伤!今天抖擞一下,再次情绪饱满的发一个,敬广东11选五两期计划候各位的佳音哈!

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                1、clustalx 也是为了alignment,如果在MEGA里面alignment了,就不用clustalx了;
                2、bootstrap值一般是将你的序列保留一部分,把剩下部分随机打乱,拼成不同的序列,组成1000个你的alignment文件,做树,显示的77表明,1000次做树的过程有有77%次,也就是770次得到HX6和AJ308316.1聚在一起这个结果;
                3、下面的标尺是枝长,也是进化距离,bootstrap值是可信度;
                4、这个我水平有限,也比较迷惑,个人觉得你现在做成的树适合的进化研究;
                5、一般是要有bootstrap值的,这个表示可信度,要是值低于50,一般别人是不认同的,有的文章没有标尺,可能是只想得到树的分枝情况,没有想要计算各个物种的距离,只要得到的一个树广东11选五计划的拓扑结果吧,但是bootstrap值一般是要的。
                对了,你的alignment,排列好了之后,一般要将首尾序列截成一样齐……
                只是个人意见,可能有偏差,有错误欢迎指出。

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                ”弱弱问问大侠,这个具体怎么操作?mega4.0里嵌合的clustal没有截序列的功能么?
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                MEGA里面的不知道有没有,没有怎么用MEGA,好像clustalx里面也没有,不过bioedit里面有……可以先在BIOEDIT里面截,再导入到MEGA里面,再转换成MEGA格式,做树
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                菜虫继续发问:关于标尺
                1、为什么标尺有时候是1,2,有时候是0.05,0.02?如何设置标尺大小?
                2、标尺用来算遗传距离,具体怎么广东体彩11选5基本走势图算呢(比如,在附件的图中HX4与AB546196这一群和HX6与AJ308316这一群的距离看哪根树枝呢?或者不相邻的,再远一点儿的类群要看它们之间的进化距离怎么看呢?)

                或者phylip软件里面的dnadist,我觉得如果不是做进化之类的分析的话,一个diversity distance 就可以吧,mage里面好广东体彩快乐十分像就有
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                请问进化树建出来以后分类地位低的物种的基因比分类地位高的物种的基因在树上的位置还要靠上,这正常吗?
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                得到的系统树是根据你的基因序列来的,如果你的序列处理没有什么问题,那看下你用的是不是核心基因,有没有可能发生水平转移或者重组?如果没广东东莞板框过滤器有的话,再来分析下原因,一般是不会出现这种情况的。。。
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                MEGA可以比对后截取 我用的是5 可以的
                不过个人感觉有时候截不截影响不是太大
                刚试了个一百多个数据的比对 有不齐的 和剪切后的
                两种的树做出来一样
                不过我是做的蛋白树 不知道金银的会怎样=。=
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                有关5
                我觉得貌似BOOTSTRAP值这个可信度是不是有待商榷
                我做的时候跟老板商量的据说是75以下的都容易广东体彩11选5代理群变
                这个变是只插入或删除别的序列后容易摆动
                所以具体这个数值是多少我也没查文献
                看很多人说50 我觉得对此还是根据自己不同情况分析以下比较好
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                我觉得截齐了做树的话,避免了不同长度的序列可能对做树造成的误差;但是针对一些蛋白基因,有些本身就很长,有些本身短,这种情况,我现在也不确定是不是也要截成一样长,有时,很多序列都很长,就1-2条比较短,这时候我也不知道该怎么办了,可以确定的是,截成一样长做树,做出来的树应该是不会有疑问,但是可能对广东11选5任5遗漏数据序列的完整度有影响,得到的结果可能会有变化。
                bootstrap值低于50确定是不可信的,但高于50只能说针对当前数据,在bootstrap方法检验下,是高于一半的支持率的广东11选5走势,这个值当然越高越好,你选择不同数据,不同模型,bootstrap值广东精密过滤器厂家供应一般都会有变化的,bootstrap值为100%也只能说是两个序列聚在一起的概率非常大,是个推测值,也不能绝对说他们就是一类的,我个人觉得就是一个统计分析结果,低于50%一般是不广东体育彩票发行中心可信,高于50%可信度就高一点而已……
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                是这样的
                我还做了一个别的实验
                发现有些东西剪切掉了对树是有非常大的影响的 比如说广东体彩11选5开奖走势图一些LINKER
                关于BOOSTRAP值 我明白你意思 我的意思不是问这个变化怎样 我的意思是这个值是不广东11选5开奖信息360是应该调到75=。=b
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                贤愚Libra

                那不同的物种序列长度肯定是有差异的做作树时,软件会自己处理这些长度差异的问题吧!
                今年刚接触分子系统学,当时老师上广东体育彩票官网首页课时说序列不用截齐!

                必须好好学习学习,太有用了。
                大侠有mega 4软件包吗?求分享!!!
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